Алхимия — наука о преобразовании материи из одной формы в другую. Ее основное правило — ты можешь получить что-нибудь, лишь отдав взамен нечто равноценное. Эдварду и Альфонсу Элрикам, сыновьям великого алхимика, было всего 11 и 10 лет, когда они решили, что знают об алхимии достаточно, чтобы вернуть к жизни свою покойную мать. Но не зря на создание человека наложен запрет — братья потерпели неудачу и заплатили за свою ошибку страшную цену: Эдвард потерял ногу, а Альфонс был поглощен целиком. Лишь пожертвовав правой рукой, Эдвард сумел вернуть душу Альфонса и присоединить ее к старинному доспеху. Заменив утраченные руку и ногу металлическими протезами, Эдвард вместе с братом покидает родной городок, где поступает на государственную службу, дабы получить доступ к обширным ресурсам военных. Отныне братья еще отчаянней стремятся раскрыть тайну человеческого преобразования — теперь уже ради того, чтобы вернуть друг другу прежние тела. Цель их поисков — легендарный философский камень, который позволяет обойти принцип равнозначного обмена. Однако вскоре братья выясняют, что не они одни ищут философский камень, и что они ввязались в серьёзную игру…
最愛の母を病気で亡くしたエルリック兄弟は、母を生き返らせようと考えた。 幼くして高い錬金術の能力をもつ二人は自らの能力を過信し、禁忌とされる『人体錬成』に手を出した。 その結果、兄・エドワード(エド)は左足を失い、弟・アルフォンス(アル)は肉体を失い魂だけの存在となってしまった。 自らの右腕と引き替えにエドは、近くにあった鎧にアルの魂を定着させた。 エドは、幼なじみのウィンリィが作った義肢・「オートメイル(機械鎧)」を身につけ、師の教えに背き国家錬金術師(軍属)となった。 自分たちの体を取り戻す鍵となる「賢者の石」の謎に迫る為に。